Berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. Dj.I/1813/2011 jo SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1330 Tahun 2017, IAIN Pekalongan diberi amanat untuk menyelenggarakan Pascasarjana (S.2) dengan dua Program Studi: Pendidikan Agama Islam dan Hukum Keluarga (Ahwal Syakhshiyyah). Amanat tersebut merupakan respon atas permohonan IAIN Pekalongan dalam meningkatkan pelayanan pendidikan tingkat tinggi yang kompeten dalam ilmu keislaman, profesional dan bertanggung jawab terhadap transformasi sosial masyarakat muslim dalam bingkai Negara Kesatuan Republik Indonesia
Pascasarjana IAIN Pekalongan dikelola secara profesional dengan berpijak pada Islam Rahmatan Lil Alamin. Program studi yang dikelola telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Hingga saat ini Pascasarjana IAIN Pekalongan telah meluluskan magister, dan alumninya terserap di berbagai instansi, baik pemerintah maupun swasta. Seiring dengan perkembangan keilmuan dan kebutuhan akan SDM yang berkualitas, Pascasarjana selalu berbenah diri untuk menghasilkan lulusan yang kompetitif, sejalan dengan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 8 Tahun 2012 tentang Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI).
Program Magister Hukum keluarga pascasarjana merupakan prodi lanjutan Jurusan Hukum keluarga (Ahwal Syakhshiyyah) Fakultas Syari’ah, yang membahas dasar-dasar hukum kekeluargaan di Indonesia. Program studi Hukum Keluarga Pascasarjana IAIN Pekalongan telah terakreditasi B dengan SK BAN-PT NOMOR:576/SK/BAN-PT/Akred/M/II/2018. Sedangkan Program Magister Pendidikan Agama Islam telah terakreditasi B dengan SK BAN-PT Nomor : 847/SK/BAN-PT/Akred/M/III/2018. Porgram Magister ini diharapkan mampu memajukan bidang Pendidikan dan Hukum Keluarga di wilayah pekalongan dan kota-kota disekitarnya dan menambah semangat mahasiswa untuk melanjutkan studi S2-nya di Program Magister IAIN Pekalongan.
Pada tahun 2020 IAIN Pekalongan mendapat amanah untuk menyelenggarakan perkuliahan pada program studi Magister Ekonomi Syariah (ES) dan telah terakreditasi Baik dengan SK BAN-PT Nomor: 13746/SK/BAN-PT/Ak-PKP/M/I/2022 dengan profil lulusan sebagai Dosen Ekonomi Syariah, Ilmuwan ekonomi syari’ah, Manager dan Perencana lembaga keuangan syari’ah, dan Peneliti Ekonomi syari’ah.
Di tahun yang sama selain prodi Magister Ekonomi Syari’ah Pascasarjana IAIN Pekalongan dipercaya untuk menyelenggarakan perkuliahan Magister Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) dan telah terakreditasi Baik dengan SK BAN-PT Nomor: 13725/SK/BAN-PT/Ak-PKP/M/I/2022 prodi ini mempunyai profil lulusan sebagai kepala madrasah ataupun pengawas, Dosen PGMI, Ilmuwan bidang Pendidikan Islam dasar, dan Peneliti pada bidang PGMI.
Tidak sampai di situ saja, Program Pascasarjana IAIN Pekalongan terus menambah jumlah Program Studi, diantaranya program studi Magister Pendidikan Bahasa Arab (PBA) dengan SK Pendirian KMA Nomor: 761 Tahun 2021 prodi ini mempunyai profil lulusan sebagai Dosen/ tenaga pengajar pada tingkat sarjana, Peneliti dalam peningkatan mutu PBA, dan sebagai perencana, pengembang serta pelaksana PBA. selain itu, Program Pascasarjana IAIN Pekalongan yang merupakan suatu program yang berada di bawah naungan IAIN Pekalongan telah beralih status menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) KH. Abdurahman Wahid berdasarkan PERPRES Nomor: 86 Tahun 2022, dengan adanya alih status ini diharapkan Pascasarjan UIN KH. Abdurahman Wahid Pekalongan semakin berkembang dan diberikan kepercayaan untuk menyelenggarakan pengembangan ilmu pengetahuan dengan cara bertambahnya prodi-prodi baru yang akan lahir.