Program Pascasarjana adalah jenjang lanjut pendidikan yang sudah berorientasi kepada pengembangan keilmuan secara epistemologis. Pendidikan tingkat sarjana pendidikan secara integral menanamkan nilai-nilai melalui pemahaman teori dan pendekatan mainstream sesuai dengan kajian ilmu. Pada tingkat magister justru menggunakan teori dan pendekatan tersebut untuk memecahkan permasalahan tertentu, bahkan lintas keilmuan secara terpadu. Sehingga penguatan pendekatan yang digunakan harus multiperspektif namun tetap integratif. Pemahaman arah keilmuan yang berbeda ini harus dimiliki mahasiswa magister sejak awal.
Program Pascasarjana (PPs) STAIN Pekalongan menyelenggarakan kegiatan Orientasi Studi bagi mahasiswa baru dengan tujuan untuk mengkondisikan diri mahasiswa pascasarjana. Hal tersebut untuk menjadi acuan sebagai sumber aktualisasi diri mereka dalam menjalankan tugas sebagai mahasiswa dan menjalankan Tri Dharma perguruan tinggi di masyarakat. Masa orientasi merupakan pembentukan watak bagi seorang mahasiswa baru yang akan mempengaruhi kualitas akademik mahasiswa kemudian. Penguatan akuntabilitas dan pembangunan jaringan akademik mahasiswa menjadi prioritas PPs STAIN Pekalongan tahun ini.
Penataan jaringan alumni ditegaskan dengan pembentukan Ikatan Keluarga Alumni Program Pascaarjana (IKA-PPs) IAIN Pekalongan. Hubungan antara Perguruan Tinggi dengan alumni perlu diarahkan secara strategis untuk ikut berkontribusi dalam pengembangan institusi almameter. Kerjasama dalam bidang akademik, pengabdian masyarakat, penelitian, pemberdayaan masyarakat hingga dakwah. Alumni yang secara langsung bersentuhan dengan masyarakat harus mampu menjadi problem solver permasalahan sosial.
Untuk mengantisipasi berbagai tantangan masyarakat modern tersebut, PPs IAIN Pekalongan terus memperbaiki diri dalam pengembangan akademik baik secara kualitas dan kuantitas. Hal tersebut juga dilakukan dengan membuka diri terhadap berbagai masukan dari alumni, pengguna alumni dan pihak-pihak terkait. Rektor IAIN Pekalongan, Dr. Ade Dedi Rohayana, berkomitmen untuk terus memberikan support terhadap pengembangan Program Pascasarjana baik teknis dan akademis. Selain itu, beliau juga menghimbau agar mahasiswa PPs IAIN Pekalongan senantiasa terlibat dalam aktivitas pengembangan ilmu pengetahuan secara progresif namun tetap santun dan berorientasi penyelesaian masalah-masalah sosial,